Der hochtalentierte, 17-jährige Hobbydetektiv Shinichi Kudô verwandelte sich durch ein missglücktes Giftattentat in seine Kindergestalt zurück. Nun ermittelt er heimlich als Conan Edogawa im Körper eines 7-jährigen.
Eines Tages findet er im Haus seines väterlichen Freunds Professor Agasa eine Nachricht des berühmten Architekten Teiji Moriya vor, der ihn zu einer Gartenparty einlädt. Da Shinichi in seiner jetzigen Gestalt natürlich nicht auf der Feier erscheinen kann, bittet er seine Freundin Ran telefonisch an seiner Stelle an der Veranstaltung teilzunehmen. Kurz darauf beginnt ein unheimlicher Bombenleger sein Spiel mit Shinichi zu treiben, indem er ihm anonym Tipps gibt, wo in der Stadt Bomben versteckt sind. Der junge Detektiv hat alle Hände voll zu tun, die Explosionen zu verhindern. Am Abend darauf ist Shinichi mit Ran im Kino verabredet, das sich in einem von Moriya entworfenen Wolkenkratzer befindet. Doch kurz vor ihrer Verabredung erfährt er, dass im gesamten Wolkenkratzer Bomben versteckt sind.
Ein Wettlauf mit der Zeit und um das Leben von Shinichis großer Liebe beginnt...
Eines Nachts erwacht Ran aus einem fürchterlichen Alptraum, in dem ihre Mutter erschossen wurde. Ran ahnt nicht, dass ihre böse Vorahnung schon bald schreckliche Realität werden könnte, als eine mysteriöse Anschlagserie in ihrem Umfeld beginnt.
Das erste Opfer ist Inspektor Megure, der beim Joggen von einer Armbrust angeschossen wird; dann wird Rans Mutter Eri Kisaki fast mit einer Tafel Schokolade vergiftet; und auch Professor Agasa wird durch einen Pfeil verletzt. Bei allen Opfern werden merkwürdige Gegenstände gefunden: Ein Schwert, eine Papierblume und ein Speergriff. Conan erkennt schnell das System dahinter; die verschiedenen Dinge symbolisieren Bube, Dame und König, die 11., 12. und 13. Karte eines Kartenspiels. Doch wer soll das Ass - die 14. Karte - werden...?
Im Lagerhaus des Suzuki-Konzerns wird der Schatz der russischen Zarenfamilie entdeckt, das "Memories Egg" - und kein Geringerer als Kaito Kid hat es sofort darauf abgesehen, wie er prompt in einem Ankündigungsschreiben verlautbaren lässt! Mit der Unterstütztung der Polizei reist Kogoro mitsamt Anhang nach Osaka, wo das Ei ausgestellt wird. Genau wie angekündigt, umgeht Kaito Kid mühelos die strenge Bewachung der Polizei, entwendet das Schatzei und fliegt mit seinem Hängegleiter von dannen. Doch vor Conans Augen wird er von einem Unbekannten abgeschossen und erleidet eine unsanfte Bruchlandung! Inmitten des ganzen Chaos kommt auch noch ans Licht, dass das Ei ein mysteriöses Geheimnis birgt, und plötzlich taucht auch noch eine Leiche auf! Die Ereignisse überschlagen sich und das Rätsel wird immer undurchsichtiger!
Ein Serienmörder, der es auf Polizisten abgesehen hat, hält das Polizeipräsidium in Atem. Kogoro möchte Informationen zu dem Fall, doch Kommisar Megure ist diesmal merkwürdig abweisend. Conan schlussfolgert daraus, dass der Mörder jemand aus den Reihen der Polizei sein muss - und als Nächstes wird Inspektor Sato angeschossen! Ran, die zufällig am Tatort anwesend war, erleidet einen heftigen Schock und verliert ihr Gedächtnis. Der Täter hat es trotzdem auf sie abgesehen, denn sie stellt den einzigen Augenzeugen dar! Conan, der um Rans Leben fürchtet, setzt alles daran, der Wahrheit auf eigene Faust auf den Grund zu gehen!
Kogoro & Co. wollen der Einweihungsfeier der Nishitama Twin Tower Buildings beiwohnen, von dessen Höhe man stolz sagt, es sei das dem Himmel nächste Gebäude. Dort stolpert Conan jedoch über den Wagen von Gin, jenem diabolischen Mitglied der Schwarzen Organisation! Und danach kommt es zu einer Mordserie, bei der Leute, die in Zusammenhang mit dem brandneuen Gebäude stehen, die Opfer sind. Conan geht natürlich davon aus, dass die Organisation dahinter steckt... Doch plötzlich geht eine Bombe hoch und der Fluchtweg ist abgeschnitten! Während Conan und die anderen versuchten, hinter das Geheimnis des Falles zu kommen, gilt es, eine gefährliche Flucht von dem 300 Meter hohen Gebäude zu wagen!
Conan & Co. nehmen an der Präsentation der neuesten Videospiel-Attraktion "Cocoon" teil. Mit dieser Konsole soll man in einer Virtual-Reality-Umgebung an historischen Kriminalfällen teilnehmen können! Insgesamt werden 50 Kinder, darunter auch Conan, die Detective Boys und Ran, vom Computer ausgewählt und in die virtuelle Umgebung eingeschleust, doch schon kurz darauf übernimmt eine künstliche Intelligenz die Kontrolle. Damit sie wieder in die reale Welt zurückkehren können, müssen sie das Spiel gewinnen! Conan findet sich im London des 19. Jahrhunderts wieder - um das Leben der 50 Kinder zu retten, muss er das Geheimnis um Jack the Ripper lösen!
Kogoro erhält den Auftrag, den Verbleib einer vor acht Jahren gestohlenen Buddhastatue nachzugehen, und reist mit Ran und Conan nach Kyoto um einen Tempel aufzusuchen. Ein unbekannter Absender hat einen Brief an den Tempel geschickt, dem ein rätselhaftes Bild beiliegt, auf dem womöglich der Aufenthaltsort der Statue zu sehen ist. Als Conan auf der Suche nach Hinweisen durch die Stadt schlendert, trifft er zufällig auf Heiji! Er ist einem Fall auf der Spur, bei dem die Mitglieder einer Räuberbande nach und nach ermordet wurden. Und diese Räuberbande schien just auf Buddhastatuen spezialisiert gewesen zu sein! Raub und Mord... Conan und Heiji wittern eine Verbindung zwischen den beiden Fällen und ermitteln gemeinsam!
Die Theaterschauspielerin Juri Maki hat von Kaito Kid ein Ankündigungsschreiben erhalten, in dem er verlautbaren lässt, ihren kostbaren Ring zu stehlen, woraufhin sie Rat bei Kogoro Mori sucht. Kogoro & Co. beschließen, sie zu ihrem schutz ins Theater zu begleiten, denn vermutlich wird Kid bei der letzten Aufführung zuschlagen. Doch plötzlich erscheint Shinichi vor Conans Augen! Es ist natürlich Kaito Kid, der als Conans Alter Ego verkleidet ins Theater eingedrungen ist! Conan ist aber auf Draht und es sieht ganz so aus, als würde Kid sich geschlagen geben und von der Tat ablassen... Doch der wahre Tatort ist nicht das Theater, sondern das Flugzeug, in das Juri Maki nach der Aufführung steigt! Plötzlich wird sie Opfer eines Giftanschlags und auch der Pilot ist bewusstlos! Es herrscht blanke Panik in 3000 Meter Höhe!
Conan & Co. genießen eine luxuriöse Reise auf dem Kreuzfahrtschiff Aphrodite. Doch plötzlich wird Sonoko von irgendjemandem angegriffen und die Reise gerät zum Albtraum! An Land wir indes ein Schiffskonstrukteur tot aufgefunden - er starb unter rätselhaften Umständen, doch alles deutet auf Mord hin. An Bord versuchen Conan und Kogoro, sich auf Sonokos Aussage stützend dem Angreifer auf die Spur zu kommen, als sich plötzlich ein Mord ereignet! Conan ist überzeugt davon, dass die Ereignisse an Bord und an Land miteinander zusammenhängen, und sein Verdacht fällt auf Kusaka, den er vor einigen Tagen kennen gelernt hat. Aber der hat ein Alibi für die Tatzeit, denn er soll sich genau da in Gespräch mit jemandem am Telefon befunden haben...
Kogoro & Co. besuchen auf Anweisung eines Auftraggebers einen Vergnügungspark. Doch der Auftrag ist absolut kein Vergnügen, sondern entpuppt sich rasch als echter Schock: Gelingt es nicht, innerhalb eines Zeitlimits ein kniffliges Rätsel zu lösen, fliegt alles in die Luft! Ran und die Detective Boys sitzen in der Todesfalle, denn sie müssen jetzt als Geiseln herhalten! Und plötzlich spricht der mysteriöse Auftraggeber Conan auch noch mit dem Namen "Shinichi Kudo" an...! Conan bleibt jedenfalls nicht viel Zeit, das Rätsel zu knacken!
Der Legende nach sollen auf der Pazifikinsel Komijima einst die Piratinnen Anne Bonny und Mary Read einen Schatz versteckt haben. Aus diesem Grund wird die Insel auch die Schatzinsel genannt. Das zieht natürlich Schatzjäger an, die den Schatz unbedingt bergen wollen. Conan und Co. machen auf der Nachbarinsel Urlaub. Während eines Tauchtrips von Ran und Sonoko, geschieht ein Haiangriff auf einen der Schatzjäger den dieser nicht überlebt. Conan untersucht den Fall und schnell wird klar das es kein Unfall sondern Mord war. Ist an der Legende mit dem Schatz wirklich etwas dran?